サーチコンソールへ「http://●●●.com/ is now associated with a Google Analytics property」というメッセージがきましたが、ペナルティですか？

ペナルティとは関係ないメッセージです。
http://●●●.com/ サーチコンソールのアカウントが、Google アナリティクスのプロパティ（登録URLデータ）と連携されています。というメッセージです。

連携に心あたりがない場合

Google アナリティクスのプロパティとの連携（関連付け）に心あたりがない場合、他にもサーチコンソール を使用している人がいれば確認しましょう。
他に利用者がいない場合や、連携を解除したくなった場合は、Google サーチコンソール のナビゲーション下部にある　歯車のメニュー > [設定] から、ウェブサイトのリンクを変更することができます。

参考：サーチコンソールの設定を確認しよう。

サーチコンソールのメッセージが日本語で届くようになっているか確認しましょう。
設定は、歯車のメニュー >　Search Console の設定　から変更できます。
※一部のメッセージは設定していても英語で届きます。
※過去のメッセージは変更しても日本語になりません。

実際のメッセージ

件名：http://●●●.com/ is now associated with a Google Analytics property

本文：Webmaster of http://●●●.com/, Google systems confirm that your Search Console account for http://●●●.com/ is now linked with a Google Analytics web property. If this is unexpected, it could be because another site owner has created or changed the link in Search Console.

Recommended Action: Check that your association is correct

Make sure that the website’s URL matches the Google Analytics property you wanted to be associated with. If you have not made this request or have changed your mind, you can modify the website link in your Google Search Console account, in the gear menu > Google Analytics Property section.

まとめ

Google サーチコンソール（旧：ウェブマスターツール）は、ウェブマスター向けのサイト管理ツールです。SEO対策に役に立つ機能以外にも、サイトの運営管理に役立つ機能が、多数入っています。

ペナルティ以外にも様々なメッセージが届きますので、定期的に確認しましょう。

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