○○本あるはずの被リンクが、○本しか確認できません。

Googleサーチコンソール（ウェブマスターツール）を含め、弊社ツール・他社ツール問わず、被リンクチェックツールは、いずれも実際より少ない数のリンクが表示されます。

なぜ少なく表示されるのか？

いずれのツールも、被リンク先の情報は、検索エンジン（Googleなど）から取得していますが、 検索エンジンは、全ての情報を公開していないため、結果どのツールも、実際より少ない本数表示となります。

また、Googleサーチコンソールの「サイトへのリンク」も、Googleが不要と判断した被リンク元は公開されていない事例があります。

参考：設定されている被リンク数を確認するには、どうしたらいいでしょうか？

認識されていないリンクは効果がないの？

Googleは、サーチコンソール上に表示していないリンクも、サイトの評価に利用しています。
ディーボでは、多くのSEO実験やSEO事例から、それを確認しています。

Googleの検索エンジンは、サーチコンソール上に表示しないリンクも、評価に利用しています。

まとめ

・被リンクチェックツールは、どのツールも、実際より少ない本数が表示される。
・Googleも、確認している被リンク元のすべてを公開していない。